北京时间10月7日18时(瑞士当地时间12时)，联盟杯小组赛抽签在瑞士尼翁欧足联总部举行。AC米兰抽到中签，塞维利亚(C组)与曼城(A组)进入死亡之组。每个小组将进行5轮单循环角逐(首轮将于10月23日举行，末轮12月18日结束)，每队各打2个主场和2个客场。每组前3名共24支球队出线，再与冠军杯8个小组的第3名球队一同参加32强淘汰赛抽签。决赛将于2009年5月20日在伊斯坦布尔举行。
具体抽签结果如下：
A组：沙尔克04(德国)、巴黎圣日尔曼(法国)、曼城(英格兰)、桑坦德(西班牙)、特温特(荷兰)。
B组：本菲卡(葡萄牙)、奥林匹亚科斯(希腊)、加拉塔萨雷(土耳其)、柏林赫塔(德国)、尔基夫冶金(乌克兰)。
C组：塞维利亚(西班牙)、斯图加特(德国)、桑普多利亚(意大利)、贝尔格莱德游击(塞尔维亚)、标准列日(比利时)。
D组：托特纳姆(英格兰)、莫斯科斯巴达克(俄罗斯)、乌迪内斯(意大利)、萨格勒布迪那摩(克罗地亚)、奈梅亨(荷兰)。
E组：AC米兰(意大利)、海伦芬(荷兰)、布拉加(葡萄牙)、朴茨茅斯(英格兰)、沃尔夫斯堡(德国)。
F组：汉堡(德国)、阿贾克斯(荷兰)、布拉格斯拉维亚(捷克)、阿斯顿维拉(英格兰)、齐利纳(斯洛伐克)。
G组：瓦伦西亚(西班牙)、布鲁日(比利时)、罗森博格(挪威)、哥本哈根(丹麦)、圣埃蒂安(法国)。
H组：莫斯科中央陆军(俄罗斯)、拉科鲁尼亚(西班牙)、费耶诺德(荷兰)、南锡(法国)、波兹南(波兰)。
联盟杯经过首轮两回合角逐，决出40支球队进入小组赛，然后根据球队欧战积分划分为5档，每档8支球队。积分最高的AC米兰与塞维利亚、瓦伦西亚等共8支球队被列为种子队(第1档)。德甲与荷甲各5支球队参加抽签，为各联赛之冠；英超与西甲各有4支，意甲与法甲则各有3支。在抽签中，来自同一联赛的球队不能同组。
附：小组赛抽签分档
第1档
AC米兰(意大利)、塞维利亚(西班牙)、瓦伦西亚(西班牙)、本菲卡(葡萄牙)、沙尔克04(德国)、莫斯科中央陆军(俄罗斯)、托特纳姆(英格兰)、汉堡(德国)。
第2档
斯图加特(德国)、阿贾克斯(荷兰)、奥林匹亚科斯(希腊)、拉科鲁尼亚(西班牙)、布鲁日(比利时)、莫斯科斯巴达克(俄罗斯)、巴黎圣日尔曼(法国)、海伦芬(荷兰)。
第3档
罗森博格(挪威)、乌迪内斯(意大利)、费耶诺德(荷兰)、布拉加(葡萄牙)、布拉格斯拉维亚(捷克)、曼城(英格兰)、加拉塔萨雷(土耳其)、桑普多利亚(意大利)。
第4档
柏林赫塔(德国)、贝尔格莱德游击(塞尔维亚)、南锡(法国)、朴茨茅斯(英格兰)、阿斯顿维拉(英格兰)、桑坦德(西班牙)、哥本哈根(丹麦)、萨格勒布迪那摩(克罗地亚)。
第5档
圣埃蒂安(法国)、沃尔夫斯堡(德国)、标准列日(比利时)、特温特(荷兰)、奈梅亨(荷兰)、卡尔基夫冶金(乌克兰)、波兹南(波兰)、齐利纳(斯洛伐克)。
