故事介绍
序章：
存在于一个遥远的年代，一个神秘的幻境之中的故事。ICO是一个头上长着角的少年，村里有个习俗，凡是头上长角的小孩必须带到一座海上的城堡当作祭品。在ICO 13岁生日的那天，三个神官带者他骑着马往城堡出发，在穿过一片森林后，他们看到一座耸立在海上的城堡，神官们带者ICO搭着小船來到了城堡的地下。
上了岸后，其中一个神官说道：“去把剑拿来。” 于是另一个神官走到一旁拿起了一把附带着黑暗魔力的大剑（游戏中称作魔剑），此时在一行人面前出現了两座相连的奇怪图腾雕像。拿着剑的神官走上前轻轻的把剑拔出剑鞘，突然，从剑身上发出了数道闪电，闪电打在雕像上使得雕像从中间一分为二，接着神官带着ICO走进了一个圆柱型的塔，打开开关，一行人缓缓的开始上升。来到一间充满了巨大石棺的大厅，只见其中一個缓缓的打开， 仿佛在对ICO说这就是你未来的家了。一个神官将ICO抱起來放进石棺中，而另一个神官說：“请不要恨我們，这一切都是为了村子。” 
石棺的盖子缓缓盖上，神官们也相继离去了。被关在石棺中的ICO突然感到有如地震般的震动，此时恐惧开始笼罩在ICO的心头，同时求生的本能也开始发挥作用，ICO试着摇动着石棺。不知是石棺由于年代太久远了，还是由于ICO自身非凡的力量，整个石棺因为晃动而掉落到地上，盖子也震开了。ICO整個人掉到了地上，冲击力使得ICO一度失去了意识。在朦胧之中，ICO觉得自己走在一个巨大的螺旋阶梯上，顺着阶梯來到顶端，ICO看见了一个笼子，在笼子中产生了一个黑色的人影。ICO因为害怕而靠着墙壁，但一不小心被从墙壁中出現黑影將拖进了黑暗……
ICO张开眼睛，发现原来只是一个梦，环顾四方，发现只有自己在这个大厅中。ICO试着在四周查看，就此，ICO就此走上了逃亡之路……
一、初次的相遇
顺着梦中的记忆，ICO来到了梦中的阶梯。顺着阶梯走到最上面，竟然发现一个跟梦中一样的笼子。只是，这次笼子中出现的不是黑影，似乎是一个人。ICO壮着胆子边向笼子靠近，边大声喊道：“是谁？究竟是谁在那里？”等 ICO靠近了些，终于发现被关在笼子中的竟然是个美丽的少女。ICO从惊讶中回过神来，问道：“怎么回事？你为什么会被关在那种地方？ 等一下，我現在马上放你下来。” ICO將笼子放了下來，笼子的门也因下降时的撞击而打开了，ICO自己却不小心跌倒了。
此时少女从笼子中走了出來，少女看着ICO说道：“你是誰？你从那里进来的？” 但是ICO却完全听不懂少女在说些什么， ICO只好回答道：“我是……我只是一个祭品，就因为长着角，所以被村里的神官带来这里了……难道你也是祭品吗？”少女沒有回答，只是慢慢的走向ICO，伸出手來想摸摸ICO的脸。就在此时，一个黑色人影从少女身后的地板冒了出來，一言不发的將少女抱了起來。“啊！”少女发出了惊呼声，ICO见状，拿起掉落在一旁的木棍就朝黑影冲了过去。在一番激烈的打斗后，黑影终于被打倒了，ICO伸出手將少女牵了起来。ICO问道：“那是什么？他是來抓你的吗？看来你待在这里也很危险，这样吧，我们一起出去吧。”
二、逃亡的开始
离开了那个房间，两人结伴朝逃离城堡的目标前进着。顺着路往前走，又来到一个有着圆形图腾的地方。就在少女靠近雕像的同时，雕像从中间往两旁分开了。ICO觉得很惊讶，失声问道：“你是怎么做的？” 少女似乎也回答不出來，于是ICO也不再追问了，一路跑来，倒互相帮助一同打倒不少黑影，度过许多难关，眼看就快要到大门了。接着向前走了一会，ICO终于看到了敞开着的大门，回过头来对少女兴奋的说道：“看，是出城堡的大门！从那里出去吧。”可是才说完，那两道巨大的门就逐渐的关闭了起來，ICO着急的说道：“努力跑啊！” 然后拉着少女的手拼命的往前跑，就在快到门前的時候，少女一不小心跌倒了，而门也合上了。
此时在少女的身后浮現了另一个黑影，但跟之前的黑影不同，彷彿是一个高贵的女士披着黑色的晚礼服一般，但比之前的黑影更让ICO觉得有压迫感。那女子对少女说道：“回去吧！YORDA。”然后转头对ICO说：“你要把我可愛的女儿带走吗？你知道她是谁吗？她可是我唯一的爱女啊，跟长着角的你是不同世界的人阿。如果愛惜自己的生命的话，就一个人快走吧。”说完，在一阵光芒后就消失不见了。ICO走上前对YORDA说：“你没事吧？不要紧吧？”YORDA轻声的说道：“我惹那个人生气了。”
三、无声的誓言
ICO对着YORDA伸出手來，无声的行动仿佛说着无论怎样，我都会保护你的。也伸出自己的手，就在两人的手相握之时，那女子的声音又从空中传来：“YORDA，你为什么不明白呢？你是无法在外面的世界生活的。” 因为门已关上了，两人只好再次回到古堡中找寻別的出口。之后，在启动了城堡两旁的太阳能裝置后，两人再度向着大门前进。这次，两人终于顺利的来到了大门。ICO带着少女慢慢的靠近了大门，突然，从两扇门上发出的闪电打在YORDA的身上，而门也缓缓的再度打开了。门一打开，连接着两岸的石桥也出現了。 而YORDA却为了打开大门而耗尽了体力，虛弱的倒在地上，ICO关心的上前问道：“不要緊吧？还能走吗？” YORDA虛弱的回答道：“还差一点就行了。”
ICO牵起了YORDA的手，往对岸前进着，只是由于YORDA太过虛弱了，几乎每走几步就会跌倒。就在两人來到石桥的中间时，从两扇门上的太阳能裝置发出了闪电，直击在了YORDA的身上，而石桥也因此从中间开始分离。ICO也差点掉下海去。幸好ICO抓住了石桥的边沿，艰难的爬了上去。上去后却发现自己已经跟YORDA分开了。
此时该怎么办？是要逃跑吗？对面就是回村庄的路……或者回去救YORDA……ICO很快做了決定，心中想着：不能丢下YORDA，绝对不能……ICO往YORDA所在的石桥奋力一跃，只可惜两人相隔太远了，就在ICO要掉落大海的瞬間，YORDA伸出了手，拉住了ICO。而ICO手中的武器则落入了海中。ICO想往上爬，不过由于YORDA身体实在太虛弱了，根本无法將ICO拉上去，此时一道黑光覆上了YORDA的身體，在黑光到达YORDA的手时，YDRDA痛苦的松开了手，ICO开始往下坠了下去，就在坠下的那一瞬间，ICO看见了站在YORDA身后的黑影－－是那個女子－－ ICO也听见了YORDA的哭泣声，似乎还在喃喃的说着：“……谢谢你……是我拖累了你，我无法跟你一起走了……对不起！”
四、为了YORDA
当ICO醒来，发现自己并没死，也没有落下大海，而是身在城堡下悬崖中的悬空笼子上。
于是ICO决定要回去救YORDA ，走着走着，来到了当初搭船上岸的地方，ICO顺着记忆中的印象，向一旁走去，发現了那把可以打开圆形图腾的大剑。ICO拿着这把附带着黑暗魔力的大剑，走到了当初被关的大厅。突然看到YORDA跪倒在一个小祭坛上，四周有许多的黑影蠢蠢欲动。走进之后，ICO发现YORDA似乎已经被石化了，愤怒的ICO拿着手中的大剑奋力的將黑影打倒，然后，出现了往前走的道路。但YORDA似乎并没有复原。
ICO朝YORDA看了一眼，心中暗想道：我一定会让你复原的，然后我们一起走出这该死的城堡。顺着通道继续往前走，来到一个大厅，在尽头有一个王座。环顾了一下四周，似乎并没有什么特殊的地方。于是ICO想回到YORDA所在的地方，可正当ICO回过身的时候，那女子的声音再度响起：“你等一下。”
ICO猛然回过头，看到那女子已出现在了王座上。ICO强压着心中的怒火，上前问道：“你到底想要把YORDA怎么样？”女子呵呵的笑着說道：“你还是放弃吧，已经太迟了。我的已经太老了，身体也已经太老旧了，而她將要继承我的意志，成为这城堡的主人。”ICO心中在想：“难道这个女子想附身在YORDA身上？”而女子接下来的话却正好印证了ICO心中的想法。“沒错，你想的一点都没错，YORDA的宿命就是成为我的‘魂之器’，她马上就要醒來了，不过，她再也不会记得有关你任何的事了。好了，赶快快把剑放下，离开这里吧。既然这是她的最后的愿望，那我至少会替她达成。”
ICO听到这，心中万种思绪起伏，一鼓莫明的悲哀及一鼓更强烈的愤怒从心中升起。不过从一开始ICO已经决定了，不管怎么样，也一定要带着YORDA离开这里，不管结果怎样，现在也只有放手一搏了。一咬牙，拿起剑就冲向女子处，正当要出手时，一股强烈的冲击力使ICO向后飞出去，剑也脫手而出。ICO倒在地上，头上的一只角因冲击力而断裂了，鲜红的血液从伤口流了出来。此时女子站了起來，说道：“真是个坏孩子，这样的话，你就给我去死吧！”ICO挣扎着站了起來，重新拿起了剑，再次往女子处冲去……终于，经过
了一次次的冲击，ICO终于把巨大的黑暗之剑插入了女子的胸膛，女子倒在王座上，缓慢的说道：“无论如何那个孩子还是不可能离开城堡的，即使你杀了我……”说完就消失了，ICO则因为她消失时的冲击力向后飞去，再次重重的撞在了墙上，头上的另一只角也断了……
此时从大厅两旁的大石棺中发出了闪电，打在了被石化的YORDA的身上。而YORDA吸收了闪电，全身由雪白变成了漆黑……此时城堡开始崩溃了……YORDA來到ICO的身边，摸了摸ICO的断角，随后將ICO抱了起來……YORDA將ICO抱到小船边，將ICO送上船，推了出去，顺着潮汐，小船慢慢的向对岸漂去……注视着小船慢慢离去，此时从YORDA的口中说出了一句喃喃的低语：“再见了……真的很感谢你为我所做的一切，真的，谢谢了……”整座城堡不断的崩溃着，而ICO的小船则平稳的向外漂着……
五、再次的相遇
当ICO醒来，惊讶的发现自己竟然搁浅在了沙滩上。虽然已将那名女子击倒了，可是始终没有带着YORDA一同离开城堡，心情失落的ICO不知道今后该何去何从。整顿了一下思绪，带着心中的自责，慢慢的向前走去。走着走着，ICO发现前方的海滩上有着自己所熟悉的身影。ICO急切的跑了过去，走近一看，发现竟然是已经恢复了正常的YORDA，而YORDA也在此时缓缓的张开了双眼。看见了朝夕相处，一直默默保护自己的ICO，YORDA不禁的露出了微笑，说道：“……”
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